Program unggulan MAN 6 Jakarta Timur diarahkan untuk memperkuat mutu akademik, karakter keislaman, literasi, bahasa, kepedulian lingkungan, dan kesiapan peserta didik menghadapi jenjang pendidikan berikutnya.
- Kajian Hadits Arbain dan pembiasaan nilai keislaman.
- English Acceleration untuk kemampuan komunikasi global.
- Literasi, riset sederhana, publikasi karya, dan budaya membaca.
- Adiwiyata, Go Green, serta Sekolah Bersinar sebagai budaya lingkungan sehat.
