Program unggulan MAN 6 Jakarta Timur diarahkan untuk memperkuat mutu akademik, karakter keislaman, literasi, bahasa, kepedulian lingkungan, dan kesiapan peserta didik menghadapi jenjang pendidikan berikutnya.

  • Kajian Hadits Arbain dan pembiasaan nilai keislaman.
  • English Acceleration untuk kemampuan komunikasi global.
  • Literasi, riset sederhana, publikasi karya, dan budaya membaca.
  • Adiwiyata, Go Green, serta Sekolah Bersinar sebagai budaya lingkungan sehat.