Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta adalah Lembaga Pendidikan Formal tingkat SMA dengan ciri khas keislaman. Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta adalah Kelas jauh MAN 2 Jakarta, Pada Tahun 1993 MAN 6 Jakarta berdiri sendiri sesuai dengan Keputusan Menteri Agama RI nomor 244 tahun 1993 tanggal 25 Oktober 1993. Urutan Nama Kepala Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta sejak penegerian sampai dengan sekarang sebagai berikut :

1. Periode I tahun 1994 – 1998 : Drs.H. Muslim Ghofur
2. Periode II tahun 1998 – 2002 : Drs. H. Syarifuddin Daulay
3. Periode III tahun 2002 – 2003 : Drs. H. Muallim, MM
4. Periode IV tahun 2003 – 2008 : Drs. H. Teguh Arminto, M.Pd
5. Periode V tahun 2008 – 2010 : Drs. Nuroto
6. Periode VI tahun 2010 – 2011 : Drs. M. Fadoli
7. Periode VII tahun 2011 – 2015 : Mohammad Yasin, M. Pd.
8. Periode VIII tahun 2015 – 2018 : H. Sholehudin Warto, S.Pd.I, MM.
9. Periode IX tahun 2018 – 2022 : Drs. H. Hasan Yeubun
10. Periode X tahun 2023 – sekarang Dra. Hj. Retno Dewi Utami, M.Pd

Daftar Nama Kepala Urusan Tata Usaha :

1. Periode I Tahun 1992-1995 : Olih
2. Periode II Tahun 1995-1999 : Basuki
3. Periode III Tahun 1999-2003 : Ahmad Muda Lubis
4. Periode IV Tahun 2003-2006 : Tugiman
5. Periode V Tahun 2006-2008 : Mutmainah
6. Periode VI Tahun 2008-2011 : Saefudin
7. Periode VII Tahun 2011-2014 : H. Muhtadi
8. Periode VIII Tahun 2014-2018 : Sopyan Dali
9. Periode IX Tahun 2018-2023 : Mutmainah
10. Periode X Tahun 2023-Sekarang : Sopyan Dali

Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta, Berakreditasi A dengan No. SK. Akreditasi: 752/BAN-SM/SK/2019. Pada Tahun 2011 Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta Memiliki Gedung B di Jalan Taruna jaya Cibubur Jakarta Timur. Tahun 2020 Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta Gedung B Mendapatkan SBSN untuk Gedung Asrama Terpadu Putra. Tahun Pelajaran 2021/2022 Membuka Kelas Boarding.